Klub został założony w Gdańsku 27 września 1945 jako KS Nit Gdańsk. W latach 50. występował przez kilka sezonów pod nazwą Stal Gdańsk. 26 marca 1970 w wyniku połączenia dwóch stoczniowych klubów – ZKS Polonia działającego przy Stoczni Gdańskiej i RKS Stocznia Północna powstał RKS Stoczniowiec Gdańsk.
W 1992 klub powrócił do nazwy Polonia. W 1998 drugoligowa wówczas Polonia połączyła się z Lechią Gdańsk i utworzyła klub Lechia/Polonia Gdańsk. Drużyna Polonii przystąpiła do rozgrywek ligi okręgowej, z której już po pierwszym sezonie awansowała do IV ligi.
W 2002 połączony klub przestał istnieć i zarówno Polonia jak i Lechia grały na niższych szczeblach ligowych. W różnych latach klub liczył do 14 sekcji. Polonia miała bardzo wielu wychowanków, w tym mistrzów Polski, olimpijczyków i mistrzów świata. Od sezon 2012/2013 biało-czerwoni grają w III lidze.
Znani piłkarze grający gdańskim zespole:
Andrzej Szarmach – wychowanek Polonii. W późniejszym okresie występował m.in w Arce Gdynia, Górniku Zabrze i AJ Auxerre. Jest również wybitnym reprezentantem Polski, z którą zajął 3. miejsce na Mistrzostwach Świata w 1974 i 1982 roku. Z biało-czerwonymi wywalczył również srebrny medal Igrzysk Olimpijskich w Montrealu zostając królem strzelców imprezy. W kadrze wystąpił w 61 spotkaniach strzelając 32 bramki.
Tomasz Wałdoch - wychowanek Stoczniowca. W kolejnych latach grał w Górniku Zabrze oraz niemieckich klubach: VFL Bochum i Schalke 04 Gelserkirchen. Z drugim klubem zdobył dwukrotnie Puchar Niemiec. Był również kapitanem drużyny. Po powrocie do kraju występował w Jagiellonii Białystok. Wybitny reprezentant Polski. Uczestnik MŚ w 2002 oraz srebrny medalista IO w Barcelonie - 1992. W kadrze narodowej rozegrał 72 spotkania, w których zdobył dwie bramki. Obecnie jest trenerem drużyny młodzieżowej do lat 17 Schalke.
Zbigniew Kaczmarek - wychowanek Stoczniowca Gdańsk. Następnie przez osiem lat grał w warszawskiej Legii. Później wyjechał do Francji, gdzie występował w AJ Auxerre, Guingamp i AJ Ajaccio. Po powrocie do kraju grał w Polonii i Lechii/Polonii Gdańsk. W reprezentacji Polski ma na koncie 30 spotkań. W 1980 z kadrą do lat 18 zdobył srebrny medal na ME. Jako trener prowadził: Potok Pszczółki, GKS Kolbudy, GKS Żukowo, Arkę Gdynia, Wigry Suwałki i Stomil Olsztyn.
Radosław Michalski – wychowanek Stoczniowca Gdańsk, z którego przeszedł do Legii Warszawa. Z „Wojskowymi” zdobył m.in. dwa tytuły Mistrza Polski i zagrał w ćwierćfinale Ligi Mistrzów. Następnie przeniósł się do Widzewa i po dramatycznym meczu z Broendby Kopenhaga awansował do fazy grupowej LM. W polskiej ekstraklasie rozegrał 201 meczów, strzelając łącznie 30 bramek. W reprezentacji Polski rozegrał 28 spotkań. Po zakończeniu kariery piłkarskiej był dyrektorem sportowym Lechii (2007-2009), a od 2012 roku jest prezesem Pomorskiego Związku Piłki Nożnej.
źródło: własne/wikipedia